Las excavaciones en la cámara central de Denisova, en los Montes Altai, han revelado ocupaciones del Pleistoceno entre 30.000 y 125.000 años, con restos líticos musterienses y levalloisienses.
Se han recuperado muy pocos restos de homínidos:
· Dos dientes de un homínido indeterminado.
· Otros pequeños fragmentos de hueso de los niveles del Paleolítico Superior.
En 2008, un equipo dirigido por los arqueólogos Michael Shunkov y Anatoli Derevianko de la Academia Rusa de Ciencias de Novosibirsk encontró una falange de un niño entre 5-7 años, datado entre 48.000-30.000 años. Fue examinado por Johannes Krause, Svante Päabo y colegas del Proyecto Genoma Neandertal en la Instituto Max Planck de Antropología Evolutiva. El ADNmt es diferente al de los seres humanos anatómicamente modernos, y al de los neandertales con los que habría compartido un antepasado común hace 1 mda. Esta fecha es muy tardía para represetar un erectus y muy temprana para heidelbergensis.
En 2010, el equipo de Max Planck secuenció el 70% del genoma nuclear. El ADN se parece más al de los neandertales, de los que divergerían hace 640.000 años, que al de los humanos modernos. Por otra parte, el ADN estudiado comparte ciertas mutaciones con el de los melanesios de Papua Nueva Guinea y la isla de Bougainville que no se encuentran en los neandertales u otras poblaciones modernas. Puede que estos homínidos se cruzaran con un grupo de humanos modernos camino de Melanesia.
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